山茱萸和角斑病
角斑病主要危害叶片，引起叶片枯萎，落叶，树势早衰。该病会使得山茱萸的植株受害严重。一般，降雨量多，则危害严重。
当山茱萸发生角斑病的时候可以加强经营管理，提高抗病能力，在春季发芽前清除树下落叶，减少侵染来源，也可喷洒400~500倍代森锌防治。
山茱萸和炭疽病
炭疽病比较常见，主要为害山茱萸的果实，果实感病后，初为褐色斑点，病斑逐渐扩大。可能形成僵果脱落或不脱落。炭疽病的病菌是由风、雨传播的，病害的严重程度与种植密度、地势与地形有关，树荫下、潮湿排水不良、通风透光差的发病重，一般7~8月多雨高温为发病盛期。
一般，山茱萸要在秋季果实采收后，剪除病枝、摘除病果，集中深埋，或是增施磷钾肥，加强田间管理等来预防炭疽病。
也可以喷50%的多菌灵800-1000倍液，每隔半月喷1次，连续喷2次或及时喷施25%施保克乳油1000倍液、或50%施保功可湿性粉剂1000~2000倍液进行防治。
山茱萸和白粉病
白粉病主要危害叶片，一般表现为叶片患病后，自尖端向内逐渐失去绿色，正面变成灰褐色或淡黄色褐斑，背面生有白粉状病斑，以后散生褐色至黑色小黑粒，最后干枯死亡。
对于山茱萸白粉病的防治，一般是在栽植时合理密植，使林间通风透光，植株健壮，或在在发病初期，喷50%的托布津1000倍液治疗。
山茱萸和灰色膏药病
这种疾病主要危害枝干。在皮层上形成圆圈、椭圆形或不规则厚膜，形似膏药。所以，称它为灰色膏药病。在成年植株上发生，通常活枝和死枝都能受害。受害后，树势减弱，甚至枯死。
山茱萸出现灰色膏药病时，可以在枝干上涂刷石灰乳或喷5波美度石硫合剂进行保护。在发病初期，喷1：1：100波尔多液治疗，每7~10天喷1次，连续喷3~4次。