一、叶片区别
皱皮木瓜的叶片为卵形后至椭圆形，很少有为长椭圆形的，长约3-9厘米，宽约1.5-5厘米，边缘有尖锐的锯齿。叶柄长约1厘米，托叶为草质，肾形或者是半圆形。
光皮木瓜的叶片为椭圆卵形或是椭圆长圆形，长约5-8厘米，宽约2.5-5.5厘米。叶柄相对前者要小，约5-10毫米，托叶为膜质，呈卵状披针形。
二、花的区别
皱皮木瓜有3-5朵簇生于两年生的老枝上，花瓣为倒卵形或者是近圆形，颜色为猩红色，很少有淡红色或者是白色的。
光皮木瓜花单生于叶腋处，花瓣为倒卵形，颜色为淡粉红色。
三、果实区别
皱皮木瓜果实为球形或者卵球形，直径约4-6厘米，黄色或者是带黄绿色。
光皮木瓜果实为长椭圆形，颜色为暗黄色。