一、茎部不同
芍药是宿根块茎类的植物，属于草本植物，所以茎部是草质的，到了秋冬季节，天气转凉后，地上部分会枯萎死掉。
牡丹是一种木本植物，茎部是属于木质的，到了秋冬寒冷的时候，虽然会出现落叶，但是地上部分会保持不死。
二、叶子区别
芍药的叶子是比较窄的，叶端部分比较长，并且有些尖，长度约为20-24厘米左右。叶子正面的颜色比较多样，有绿色、深绿色、黄绿色等，叶子背面的颜色为粉绿色，有时会有毛，有时后面无毛。
牡丹的叶子是相对较宽，长度大约7-8厘米左右，宽度大约为5.5-7厘米左右，叶子正面是绿的，背面是淡绿色的，有时会具有白粉，背面是没有毛的，沿着叶脉的部分是稀疏分布一点柔毛。
三、花朵区别
芍药的花期在春末夏初，时间略晚一些，花朵偏小一些，直径大约15厘米左右。
牡丹的花期在春季三月份左右，也就是初春季节，花型要比前者大一些，直径大约20厘米左右。