株形不同
万寿菊和孔雀草的株型不同，孔雀草的植株较矮，高30～100厘米。万寿菊的植株较高，高60～100厘米。从株型上看，万寿菊的更高一些。
花型不同
万寿菊和孔雀草开的花是极为相似的，但是二者有着一些明显的不同。万寿菊的花朵更大一些，花朵直径约6-8厘米，而孔雀草花朵相对较小，花朵直径约3-5厘米。
万寿菊和孔雀草花朵的颜色也很像，大多是开黄色或橙黄色的花，不过孔雀草开花花瓣上会带着红色斑块，万寿菊则没有红色斑块。如果花朵看起来呈现红色，那就是孔雀草，因为它带有红色斑块。而另一方面，万寿菊的花朵花瓣浓密，看起来比较饱满，而孔雀草的花朵花瓣比较稀疏，没有万寿菊那么层层叠叠。孔雀草的花瓣更加的平滑，万寿菊的花瓣则是有许多的裂齿。
花朵的颜色和花瓣的密度不同，就是区分二者的最佳方法，也许乍一看感觉万寿菊和孔雀草实在是太像了，不过稍加观察，就能发现二者的区别了。
其他不同
万寿菊的花序梗顶端棍棒状膨大，孔雀草的花序梗先端稍增粗。
孔雀草的花期在每年的7月份到9月份，万寿菊的花期则比孔雀草的花期长，在每年的6月份到10月份。
二者的叶片大小不同，万寿菊的叶片更加长一些。