科属不同
樱花和樱桃皆为蔷薇科李亚科，樱桃为李属，樱花为樱属，是两种不同的植物。樱花可以分为单瓣以及复瓣两个种类。单瓣类可以开花结果，复瓣类大多不结果。樱桃花是樱桃树的花，其果实是可食用的樱桃。樱花树的果实则称为樱花果。
用途不同
樱桃是果树，樱花是观赏花木。从在外形、花期等方面，两者也有区别。樱桃是小乔木，植株相对矮小；它的花期在三月初；花朵颜色为白色略带粉红色，比樱花小且密集；花后结实，果实即樱桃，成熟时为红色。樱花为乔木，其植株比较高大，花期在3月末至4月初；花朵为白色或粉色；虽然部分品种樱花也能够结出果实，但果实非常小，而且入口很涩，几乎不能食用。
植物命名不同
“樱桃花”是中国自古对这类植物的习惯性称呼，所以中国植物志里面这类植物都是以某某樱桃来命名的，一些樱亚属植物被叫做某某樱桃，一些叫某某樱花，这类植物开的花，而我们现在更喜欢称它为樱花了，这就是造成误解的根源。
开花时间不同
樱桃于早春开花，叶片生长前花朵开放，花期和白玉兰相近，比樱花早。而因为樱桃花与樱花的花较为相似，花也在长叶之前开放，所以有不少游客将两者误认。其实樱桃花是樱桃树的花，樱花是樱花树的花。