一、根状茎的区别
扁竹兰根状茎直径4-7毫米，颜色为黄褐色，节与节之间间隔较长，须根大多都分枝。而鸢尾根状茎较粗壮，直径为1厘米，颜色为黄绿色，须根很细很短。
二、茎叶的区别
扁竹兰茎干直立在地面上，呈扁圆柱形。叶子大概10片左右，黄绿色，无明显纵脉。而鸢尾的茎干稍微弯曲，中间部位略宽，斜伸地面。叶片也是黄绿色，有数条不明显的纵脉。
三、花瓣的区别
扁竹兰花为浅蓝色或者白色，直径5-5.5厘米，花梗与苞片长短几乎一致，花被管长1.5厘米。而鸢尾花为蓝紫色，直径约10厘米，花梗较短，花被管细长，大概3厘米。
四、果实的区别
扁竹兰果实呈椭圆形，表面有网状的脉纹及6条明显的肋。而鸢尾的果实为长椭圆形或倒卵形，有6条明显的肋。