从植物学区别
1.玉兰为高大乔木，而木兰为灌木或小乔木。从株型上就很容易区别。
2.玉兰花萼与花瓣常不可分，常9数，又有园艺变种多至12-15者，而木兰花花萼与花瓣差别明显，萼片3，常绿色披针形，花瓣6，外紫而内白。这是花朵上最明显的区别了。
3.玉兰花期早与木兰花，然随不同地域花期也有别，不可单凭此为据。
从名字的由来区别
古代人曾将木兰和玉兰统称木兰。有历史可以证明：
《离骚》中“朝引木兰之坠露兮，夕餐秋菊之落英”，将木兰与秋菊同提，显在秋季，而木兰、玉兰叶子极相似，未可辨。
秦代《长安志》“阿房宫以木兰为梁，以磁石为门”盖指玉兰，玉兰给落叶高大乔木，而木兰为灌木或小乔木，能用以为梁的应指玉兰。
明代后，玉兰称玉兰，而木兰多称辛夷，明代王世瞀《学圃杂疏》“玉兰早与辛夷，故宋人名以迎春，今广中尚仍此名。千干万蕊，不叶而花，当其盛时，可称玉树。”王象晋《群芳谱》“玉兰花九瓣，色白微碧，香味似兰，故名。丛生一干一花，皆着木末，绝无柔条。隆冬结蕾，三月盛开。...寄枝用木笔，体与木笔并植，秋后接之。”此处，木笔即辛夷。清《植物名实图考》“辛夷即木笔花，玉兰即迎春。余关木笔、迎春，自是两种：木笔色紫，迎春色白；木笔丛生，二月方开，迎春树高，立春已开。”“迎春是其本名，此地好事者美其花而呼玉兰。”
从各自别名区别
玉兰别名有玉树、望春、白玉兰、迎春、应春、玉堂春等。
木兰（辛夷）别名有林兰、桂兰、杜兰、木莲、木笔、黄心、紫玉兰、女郎花等。
而木兰之名到现代仍有分有合。植物志中多以玉兰与辛夷别之，或玉兰木兰别之而木兰别名辛夷/紫玉兰。它者有辨别者，有乱用者。而两者花蕾皆可入药，有混用者，玉兰性温味辛而木兰性味辛温香散，然药用也有别，不应混。