一、防治病害
辣椒苗顶部枯萎，可能是感染了疫病，染病之后，根茎发黑，出现水渍印，病情逐渐蔓延，导致上部萎缩。为了防治疫病，需要加强栽培，加强通风，发病后及时喷洒甲霜灵·锰锌、霜脲·锰锌、氟吗啉、嘧菌·烯酰吗啉、霜霉威、氟吡菌胺·霜霉威盐酸盐等药剂，每隔5-7天左右喷一次，连续喷洒2-3次。
二、合理施肥
辣椒苗如果施肥不当，也会导致顶部枯萎。如果施加了过多的肥料，或者是施加了浓肥或生肥，会导致烧根，影响到根系的吸收功能，长期下去，顶部的枝叶自然出现问题。可以合理施肥，减少氮肥的施加，多施腐熟有机肥、磷钾肥等，避免施加浓肥、生肥，施肥过多后大量浇水稀释。
三、补充水分
辣椒苗在生长期间，如果浇水不足，会导致土壤干旱，限制到根系吸收水分，长期下去，会导致根系干枯，水分无法供给上，导致顶部枯萎。可以给辣椒苗合理浇水，在土壤干后及时浇透水。
四、遮阴通风
辣椒苗如果生长在光照直射，温度较高的环境中，也会导致顶部枯萎。要注意遮阴，避开直射光，加强通风，能缓解此情况。
